En 1993 con la finalidad de propiciar el desarrollo socioeconómico y cultural de la región sur, la Universidad Autónoma del Estado de Morelos pretende participar mediante un proyecto de creación de una Institución de Nivel Superior que satisfaga las necesidades educativas que coadyuven a lograr el fortalecimiento socioeconómico de la región sur.
Además, con dicho proyecto se busca como primera etapa, la desconcentración de carreras que por su gran demanda saturan la matrícula del Campus Chamilpa y posteriormente ofrecer nuevas opciones profesionales, así como el desarrollo de posgrados e investigación, la difusión y extensión permanente de la cultura.
El día 16 de julio de 1993, el H. Consejo Universitario aprueba el inicio del Instituto Profesional de la Región Sur, denominado por sus siglas IPReS.
El 9 de septiembre del mismo año el IPReS, abre sus puertas con las Licenciaturas en: Administración, Contaduría Pública y Derecho, contemplando cada una de ellas dos pre-especialidades en los últimos semestres.
Por otro lado, la primera plantilla de docentes para las tres licenciaturas, está conformada por solo once maestros, cabe mencionar, que al inicio no se cuenta con un director, sino con un encargado del Instituto siendo este el Dr. Sergio Aguilar hasta el año de 1995.
En este mismo año se nombra al primer director, el Licenciado Roberto Téllez Rodríguez siendo su periodo de gestión de 1995 a1998.
Para enero de 1998, egresan las primeras generaciones de alumnos, de la Licenciaturas en Contaduría Pública y Derecho, integradas por 40 alumnos de Derecho y 32 de Contaduría Pública, la generación de Administración no egresa en ese momento, debido a que el Plan de Estudios original contempla un semestre más que las otras, así pues, los alumnos de esta Licenciatura egresan un semestre después, es decir en julio del mismo año con 27 alumnos.
Con el egreso de estas primeras generaciones comienza a escribirse la primera página de la historia de nuestra unidad académica.
En este mismo, año se elige a la segunda directora, siendo la M.I. Silvia Cartujano Escobar, quien ocupara el cargo durante el periodo de 1998 al 2001.
Al término de este periodo, la siguiente directora es la Licenciada Aurora Catalina Cedillo Martínez, ocupando el cargo del año 2001 al 2008; en los primeros años de su gestión como directora, el Instituto Profesional de la Región Sur pierde su nombre, para convertirse en Campus Sur.
Al término de la gestión de la Licenciada Aurora, es elegido como director el C.P. Roberto Salvador Beltrán Castillo, periodo que dura hasta el año 2012. Durante su gestión, en el año 2011, nuestra unidad académica sufre nuevamente el cambio de nombre, dejando de ser Campus Sur para volver a ser Instituto Profesional de la Región Sur. Por otro lado, durante la gestión del Contador Beltrán nuestra unidad académica absorbe el control de las escuelas de Mazatepec en su momento llamada Sede de la Cuenca y Jicarero llamada Sede del Lago.
Cuando el Contador Beltrán termina su gestión como director, la Licenciada Aurora, retoma el cargo de directora por un periodo más: de 2012 al 2015. Durante su gestión, el 28 de Marzo del 2014, por tercera vez nuestra unidad académica vuelve a sufrir el cambio de nombre, ahora como Escuela de Estudios Superiores de Jojutla.
Después de la gestión de la maestra Aurora, de marzo a junio del año 2015, la Licenciada Fabiola Álvarez Velasco llega a ocupar el cargo de Responsable de la Dirección. Sin embargo, a finales de junio del mismo año, es asignada nuevamente Directora la M. en I. Silvia Cartujano Escobar; durante los inicios de su gestión, se da la separación de las tres escuelas: EESJOJUTLA, EESMAZATEPEC Y EESJICARERO respectivamente.
Los retos que enfrenta nuestra Institución para el presente siglo son muchos y se necesita de la colaboración de todos los que la conformamos, para poder hacerles frente, de tal manera que nos permita cumplir con nuestra misión institucional.